读取DICOM-RT文件以创建3D二进制矩阵？

[poster]

我目前正在使用DICOM-RT文件（其中包含DICOM以及剂量传送数据和结构设置文件）。我主要对“结构集”文件（即RTSS.dcm）感兴趣，该文件包含感兴趣的ROI的轮廓点集。轮廓点尤其围绕肿瘤体积。例如，肿瘤将具有一组5个轮廓，每个轮廓是围绕该肿瘤切片的一组点。

我正在尝试使用MatLab使用这些轮廓点在二进制3D矩阵（0 =非肿瘤，1 =肿瘤）中构建肿瘤体积，并且需要帮助。

一种可能的方法是将每个轮廓集填充为二进制切片，然后对切片之间的体积进行插值。到目前为止，我已经使用fill或patch函数创建了每个轮廓切片的二进制横截面，但是我很难确定如何将这些二进制切片插值到3D体积中。内置功能似乎都不适用于此特定问题（尽管也许我只是在错误地使用它们？）。简单的线性插值似乎也不适合，因为一个轮廓的边缘应在所有方向上融合到相邻轮廓中。

另一种选择是获取要点并对其进行细化（不首先进行切片）。但是，我不知道如何使MatLab仅修饰肿瘤表面而不与肿瘤体积相交。目前看来在肿瘤内发现三角形。如果我只能将其放入一个表面，则不知道如何将其转换为二进制3D矩阵体。

是否有人对可能适用于此的3D切片插值或镶嵌技术有经验？还是存在任何相关工具包？我被卡住了... :(

我也对其他语言的方法持开放态度：尽管我假设MatLab会更轻松地处理矩阵运算，但我对C＃和Python有点熟悉。

提前致谢！



回答：

我想我在另一篇文章（ 这里 ）中找到了答案。与其尝试在定义的轮廓之间插入“缺失的切片”，不如将轮廓点视为点云并找到凸包，这可能是一种更有效的方法。这种方法创建了我所追求的二进制3D卷。

这是我使用的代码，希望对那些需要使用DICOM-RT文件的人有所帮助：

function mask = DicomRT2BinaryVol(file) points = abs(getContourPoints(file)); %%NOTE: The getContourPoints function simply reads the file using %%'dicominfo' method and organizes the contour points into an n-by-3 %%matrix, each column being the X,Y,Z coordinates. DT = DelaunayTri(points); [X,Y,Z] = meshgrid(1:50,1:50,1:50); simplexIndex = pointLocation(DT, X(:), Y(:), Z(:)); mask = ~isnan(simplexIndex); mask = reshape(mask,size(X)); end 此方法是@gnovice在上面的链接中发布的方法的略微修改版本。



更多&回答...