在Matlab和R之间共享大型数据集
 

我需要一种相对有效的方法来在Matlab和[URL="http://en.wikipedia.org/wiki/R_(programming_language)"]R[/URL]之间共享数据。

我已经检查过[URL="http://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/28370"][B]SaveR[/B][/URL]和[URL="http://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/5051"][B]MATLAB R-link[/B][/URL] ，但是[B]SaveR首先将[/B] Matlab的二进制数据[URL="http://en.wikipedia.org/wiki/Serialization"]格式化[/URL]为文本字符串，然后将它们打印到ASCII文件，这对于大型数据集而言效率不高，而且[B]MATLAB R-link[/B]仅在Windows上有效（它使用基于COM的界面）。

[B]更新： [/B]

Dirk发布了一份清单，列出了比[B]SaveR[/B]和[B]Matlab R-link[/B]更好的解决方案。我最近还了解了[URL="http://en.wikipedia.org/wiki/RAM_disk"][B]RAM磁盘[/B][/URL] （有关一些实现示例，请参见[URL="https://superuser.com/questions/34388/whats-the-best-ramdisk-for-windows"]此处[/URL]和[URL="https://superuser.com/questions/175861/ramdisk-ubuntu-10-04"]此处[/URL] ），并认为它们可能有助于进一步在Matlab和R（或类似的计算环境）之间共享大型数据集。这使我想到以下问题：

假设数据适合在Matlab或R的本机数据容器中的机器内存中：
[LIST=1][*]到目前为止列出的解决方案是否更适合RAM磁盘？
[*]在处理RAM磁盘而不是二级存储解决方案时，是否还要考虑其他因素？
[/LIST]谢谢！



[B]回答：[/B]

需要注意的是，我有一些关于R方面的知识：
[LIST][*] CRAN上的[URL="http://cran.r-project.org/package=R.matlab"]R.matlab[/URL]软件包可以帮助您： [I]该软件包提供读取和写入MAT文件的方法。它还使与在本地或远程主机上运行的Matlab v6或更高版本进行通信（评估代码，发送和检索对象等）成为可能。[/I]
[*]正如您所建议的， [URL="http://en.wikipedia.org/wiki/HDF5"]HDF5[/URL]是可能的，但我听说CRAN软件包[URL="http://cran.r-project.org/web/packages/hdf5/index.html"]hdf5[/URL]中的R支持有些基本
[*] [URL="http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/"]NetCDF[/URL]可能是替代方案； CRAN具有软件包[URL="http://cran.r-project.org/package=RNetCDF"]RNetCDF[/URL] ， [URL="http://cran.r-project.org/package=ncdf"]ncdf[/URL]和[URL="http://cran.r-project.org/package=ncdf4"]ncdf4[/URL]
[*]使用数据库，尤其是轻量级和基于文件的数据库，例如SQLite或H4，它们都具有R支持
[*]使用通用的序列化/反序列化格式； R通过[URL="http://dirk.eddelbuettel.com/code/rprotobuf.html"]RProtoBuf[/URL]支持Google协议缓冲区，Google指向用于Matlab的[URL="http://code.google.com/p/protobuf-matlab/"]protobuf-matlab[/URL]
[*]自己写！尤其是当您只需要基本的东西（例如大矩形矩阵）时，没有什么比直接的二进制写更好。几年前，我为Octave（与Matlab接近）进行了此操作。您可以通过mex文件扩展Matab。 R有它的API和诸如[URL="http://dirk.eddelbuettel.com/code/rcpp.html"]Rcpp的[/URL]助手。数据集越大，保存转换时看起来就越有吸引力。
[/LIST]
[url=https://stackoverflow.com/questions/4771144]更多&回答...[/url]