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2019-12-14, 20:13
在Matlab中，我想绘制 (http://www.mathworks.com/help/toolbox/bioinfo/ref/seqlogo.html)一个氨基酸序列图 (http://www.mathworks.com/help/toolbox/bioinfo/ref/seqlogo.html)的seqlogo图 (http://www.mathworks.com/help/toolbox/bioinfo/ref/seqlogo.html) 。但是，我不希望通过熵来缩放绘图列的高度，而是希望所有列都具有相同的高度。
我正在根据该问题 (https://stackoverflow.com/questions/2526714/changing-the-x-axis-of-seqlogo-figures-in-matlab)的答案来修改代码，但我想知道seqlogo的参数或其他我遗漏的其他函数是否可以使列高保持一致。
另外，是否可以对序列配置文件进行统计转换以破解所需的输出？ （列高均匀，每个字母的高度与其在seqprofile中的概率成线性比例）
回答：
解决此问题的最简单方法可能是直接修改生物信息学工具箱功能SEQLOGO (http://www.mathworks.com/help/toolbox/bioinfo/ref/seqlogo.html)的代码（如果可能）。在R2010b中，您可以执行以下操作：
edit seqlogo 该功能的代码将显示在编辑器中。接下来，找到以下几行（第267-284行）并将其注释掉或将其完全删除：
S_before = log2(nSymbols); freqM(freqM == 0) = 1; % log2(1) = 0 % The uncertainty after the input at each position S_after = -sum(log2(freqM).*freqM, 1); if corrError % The number of sequences correction factor e_corr = (nSymbols -1)/(2* log(2) * numSeq); R = S_before - (S_after + e_corr); else R = S_before - S_after; end nPos = (endPos - startPos) + 1; for i =1:nPos wtM(:, i) = wtM(:, i) * R(i); end 然后将此行放在他们的位置：
wtM = bsxfun(@times,wtM,log2(nSymbols)./sum(wtM)); 您可能希望将文件保存为新名称，例如seqlogo_norm.m ，因此您仍然可以使用原始的未修改SEQLOGO (http://www.mathworks.com/help/toolbox/bioinfo/ref/seqlogo.html)函数。现在，您可以创建序列轮廓图，将所有列标准化为相同的高度。例如：
S = {'LSGGQRQRVAIARALAL',... %# Sample amino acid sequence 'LSGGEKQRVAIARALMN',... 'LSGGQIQRVLLARALAA',... 'LSGGERRRLEIACVLAL',... 'FSGGEKKKNELWQMLAL',... 'LSGGERRRLEIACVLAL'}; seqlogo_norm(S,'alphabet','aa'); %# Use the modified SEQLOGO function https://i37.photobucket.com/albums/e77/kpeaton/seqlogo.png
旧答案：
我不确定如何转换序列配置文件信息以从Bioinformatics Toolbox函数SEQLOGO中 (http://www.mathworks.com/help/toolbox/bioinfo/ref/seqlogo.html)获得所需的输出，但是我可以向您展示如何修改为我对 (https://stackoverflow.com/questions/2526714/changing-the-x-axis-of-seqlogo-figures-in-matlab/2546777#2546777)链接到的相关问题的回答而 (https://stackoverflow.com/questions/2526714/changing-the-x-axis-of-seqlogo-figures-in-matlab/2546777#2546777)编写的替代seqlogo_new.m 。如果您bitValues更改用于初始化bitValues的行：
bitValues = W{2}; 对此：
bitValues = bsxfun(@rdivide,W{2},sum(W{2})); 然后，您应该将每列缩放为1的高度。例如：
S = {'ATTATAGCAAACTA',... %# Sample sequence 'AACATGCCAAAGTA',... 'ATCATGCAAAAGGA'}; seqlogo_new(S); %# After applying the above modification https://i.stack.imgur.com/wnnmw.png
更多&回答... (https://stackoverflow.com/questions/5133158)
我正在根据该问题 (https://stackoverflow.com/questions/2526714/changing-the-x-axis-of-seqlogo-figures-in-matlab)的答案来修改代码，但我想知道seqlogo的参数或其他我遗漏的其他函数是否可以使列高保持一致。
另外，是否可以对序列配置文件进行统计转换以破解所需的输出？ （列高均匀，每个字母的高度与其在seqprofile中的概率成线性比例）
回答：
解决此问题的最简单方法可能是直接修改生物信息学工具箱功能SEQLOGO (http://www.mathworks.com/help/toolbox/bioinfo/ref/seqlogo.html)的代码（如果可能）。在R2010b中，您可以执行以下操作：
edit seqlogo 该功能的代码将显示在编辑器中。接下来，找到以下几行（第267-284行）并将其注释掉或将其完全删除：
S_before = log2(nSymbols); freqM(freqM == 0) = 1; % log2(1) = 0 % The uncertainty after the input at each position S_after = -sum(log2(freqM).*freqM, 1); if corrError % The number of sequences correction factor e_corr = (nSymbols -1)/(2* log(2) * numSeq); R = S_before - (S_after + e_corr); else R = S_before - S_after; end nPos = (endPos - startPos) + 1; for i =1:nPos wtM(:, i) = wtM(:, i) * R(i); end 然后将此行放在他们的位置：
wtM = bsxfun(@times,wtM,log2(nSymbols)./sum(wtM)); 您可能希望将文件保存为新名称，例如seqlogo_norm.m ，因此您仍然可以使用原始的未修改SEQLOGO (http://www.mathworks.com/help/toolbox/bioinfo/ref/seqlogo.html)函数。现在，您可以创建序列轮廓图，将所有列标准化为相同的高度。例如：
S = {'LSGGQRQRVAIARALAL',... %# Sample amino acid sequence 'LSGGEKQRVAIARALMN',... 'LSGGQIQRVLLARALAA',... 'LSGGERRRLEIACVLAL',... 'FSGGEKKKNELWQMLAL',... 'LSGGERRRLEIACVLAL'}; seqlogo_norm(S,'alphabet','aa'); %# Use the modified SEQLOGO function https://i37.photobucket.com/albums/e77/kpeaton/seqlogo.png
旧答案：
我不确定如何转换序列配置文件信息以从Bioinformatics Toolbox函数SEQLOGO中 (http://www.mathworks.com/help/toolbox/bioinfo/ref/seqlogo.html)获得所需的输出，但是我可以向您展示如何修改为我对 (https://stackoverflow.com/questions/2526714/changing-the-x-axis-of-seqlogo-figures-in-matlab/2546777#2546777)链接到的相关问题的回答而 (https://stackoverflow.com/questions/2526714/changing-the-x-axis-of-seqlogo-figures-in-matlab/2546777#2546777)编写的替代seqlogo_new.m 。如果您bitValues更改用于初始化bitValues的行：
bitValues = W{2}; 对此：
bitValues = bsxfun(@rdivide,W{2},sum(W{2})); 然后，您应该将每列缩放为1的高度。例如：
S = {'ATTATAGCAAACTA',... %# Sample sequence 'AACATGCCAAAGTA',... 'ATCATGCAAAAGGA'}; seqlogo_new(S); %# After applying the above modification https://i.stack.imgur.com/wnnmw.png
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